W lipcu 1988 roku, w wyniku użycia nowego typu broni masowego rażenia w Regionie Kantō w Japonii, wybucha III Wojna Światowa.
31 lat później, w 2019 roku, przygotowania do przyszłorocznych Igrzysk Olimpijskich przypominają mieszkańcom o dawnych czasach świetności Neo Tokio - megalopolis zbudowanego nad Zatoką Tokijską. Kaneda, lider gangu motocyklowego „Capsules”, sieje postrach na opustoszałych ulicach miasta. Pewnej nocy jeden z członków gangu, Tetsuo, zderza się czołowo z dziwacznym obiektem rządowego eksperymentu. Tetsuo i tajemniczy chłopiec zostają zabrani do wojskowego laboratorium na oczach jego oniemiałej grupy. Aby uratować swojego przyjaciela, Kaneda próbuje włamać się do placówki wojskowej. Kiedy w końcu spotyka Tetsuo, okazuje się, że obudziły się w nim nadprzyrodzone moce. Tymczasem jeden z obiektów testowych, przebywający w specjalnym pokoju dziecięcym, przepowiada przebudzenie się czegoś, co nigdy nie miało zostać ujawnione. Aby dowiedzieć się więcej o swoich nowo przebudzonych zdolnościach, Tetsuo udaje się głęboko pod ziemię, gdzie spoczywa tajemniczy AKIRA.