Żyjąca w morzu złota rybka Ponyo spotka na swojej drodze Sōsuke, 5-letniego chłopca, który uratuje ją przed niebezpieczeństwem i zabierze do domu. Razem będą musieli uratować świat i spełnić marzenie rybki o zostaniu człowiekiem.
Brunhilde nie jest zwyczajną rybką – jest córką potężnego czarodzieja Fujimoto i sama ma magiczne moce. Ciekawa, jak wygląda życie poza jej podmorskim domem, ucieka, a po spotkaniu z rybacką siecią przypadkiem zostaje zamknięta w szklanym słoiku i wyrzucona na brzeg morza. Na plaży znajduje ją 5-letni Sōsuke, który mieszka z mamą Lisą w nadmorskim miasteczku. Chłopiec uwalnia rybkę, zabiera do domu i nazywa ją Ponyo. Ich spotkanie będzie początkiem wyjątkowej przyjaźni i emocjonującej przygody, podczas której bohaterowie będą musieli ocalić miasteczko przed tsunami i spełnić marzenie Ponyo o zostaniu człowiekiem.
w morzach i oceanach istnieją prawie dwa miliony gatunków morskich zwierząt i roślin? Do tej pory poznaliśmy niewielką część z nich, a naukowcy szacują, że do odkrycia jest jeszcze 91%!